На втором уровне АИС «Налог» (налоговые службы краев и областей, республик, налоговые службы Москвы и Санкт-Петербурга) выделяют следующие подсистемы:
анализ состояния предприятий
аналитическая деятельность ГНИ
ведение лицевых карточек предприятий
подготовка типовых отчетных форм