нагромождение графических объектов.
отсутствие возможности оценить конечный результат до завершения всего процесса разработки программного обеспечения
процесс создания сложной системы никогда не полностью не укладывается в такую жесткую схему из-за большой динамики корректировок и уточнений.
трудность визуализации данных.